Egyetlen fehérje molekula nem kék, nem zöld, sőt még csak nem is fehér, hanem alapvetően nagyon kicsi. Ahhoz, hogy szemmel láthatóvá tegyük nem csupán egy méretes nagyítóra van szükségünk. Speciális hullámhosszú elektromágneses sugárzással vagy például egy másik molekulával való kölcsönhatás segítségével azonban akár egyetlen molekula is detektálható. Mindazonáltal sok milliós tömegükben lényegesen egyszerűbb vizsgálni a molekulákat.

Meghatározhatjuk például a méretüket. Egy átlagos fehérje molekula átmérője 100-1000 angstrom (1 Å: 10^-10 m) nagyságrendjébe esik. Ezért nevezzük őket makromolekulának. Talán meggyőzőbb lesz egy fehérje molekula méretét egy víz molekuláéval összehasonlítani:

Az ábrán a lila gömb a víz molekula míg a halványkék gomolygás egy fehérje molekula modellje. Lám, milyen nagy a fehérje! A modell elkészítéséhez tisztáznunk kellett egy kísérlettel a fehérje atomjainak minőségét és egymáshoz viszonyított térbeli helyüket. Röntgensugárzás segítségével meghatároztuk, hol vannak az egyes atomok középpontjai. Az atomok "szélét" viszont nem tudjuk egyértelműen megállapítani, ugyanis az atommagtól távolodva fokozatosan tűnik el az elektronfelhő. Az ábrákon az molekulákat viszont nem hullámtermészetük szerint, lassan szétoszló ködnek, hanem részecskékként ábrázoljuk, ami megköveteli, hogy az atomok határát is megszabjuk. E célból egy kis próba testet vagy töltést veszünk, amely kölcsönhat az atomokkal, és vele képzeletben letapogatjuk az atomok körül a teret. Az atom sugarát tehát egy megállapodás szerinti erősségű próbatest-atom kölcsönhatáshoz rendeljük. Az így alkotott gömböket összekötve készültek az ábrán látható modellek, amik a molekulák felszínét mutatják be.

Ennek a fehérje modellnek van egy láványos eleme: a molekulának egyik oldalán felfedezhetünk egy kútszerú mélyedést. Ezt a mélyedést megtalálja a fehérjével kölcsönható kismolekula is. A kút mélyén van az enzim aktív helye, ahol átalakítja a kismolekulát.